Primarno endodontsko zdravljenje izvajamo takrat, kadar je prišlo do vnetja zobne pulpe in področja okoli apeksa korenine zoba, pri zobu, ki predhodno še ni bil zdravljen. Primarno endodontsko zdravljenje se lahko glede težavnosti razlikuje med pacienti in med posameznimi zobmi v pacientovih ustih . Postopek poteka tako, da terapevt v eni ali dveh sejah s posebnimi inštrumenti odstrani vnetje in prizadeto tkivo v zobu in zob napolni z biokompatibilnim materialom, ki bo zdaj preprečeval prodor bakterij po zobni korenini. Po končanem endodontskem zdravljenju se mora zob čim prej končno oskrbeti z zalivko ali prevleko.