Ponovno endodontsko zdravljenje izvajamo takrat, kadar je prišlo do vnetja apeksa korenine zoba, pri zobu, ki je predhodno že bil endodontsko zdravljen. Ponovo endodontsko zdravljenje je lahko kompleksnejše kot primarno in terja dodatna znanja in opremo. Zato take primerno pogosto, sploh v primeru večih zobnih kanalov, obravnava specialist endodont. Postopek poteka tako, da terapevt v eni ali dveh sejah s posebnimi inštrumenti najprej odstrani staro endodontsko polnitev in morebitne ostanke tkiva v zobu in zob ponovno napolni z biokompatibilnim materialom, ki bo zdaj preprečeval prodor bakterij po zobni korenini. Po končanem endodontskem zdravljenju se mora zob čim prej končno oskrbeti z zalivko ali prevleko.